Edital IB/AAcad/19/2025

ABERTURA DE INSCRIÇÕES AO CONCURSO PÚBLICO DE TÍTULOS E PROVAS VISANDO O PROVIMENTO DE 1 (UM) CARGO DE PROFESSOR DOUTOR NO DEPARTAMENTO DE ZOOLOGIA DO INSTITUTO DE BIOCIÊNCIAS DA UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO

O Diretor do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo torna público a todos os interessados que, de acordo com o decidido pela Congregação em sessão extraordinária realizada em 13/06/2025, estarão abertas, pelo prazo de 90 (noventa) dias, com início às 08 horas (horário de Brasília) do dia 09/07/2025 e término às 18 horas (horário de Brasília) do dia 06/10/2025,   as inscrições ao concurso público de títulos e provas para provimento de 1 (um) cargo de Professor Doutor, referência MS-3.1, em Regime de RDIDP, claro/cargo  nº 1088823, com o salário de R$ 16.353,01 (05/2025), junto ao Departamento de Zoologia,  na área de conhecimento “Filogenômica e Bioinformática de Metazoários”, nos termos do art. 125, parágrafo 1º, do Regimento Geral da USP, e o respectivo programa que segue:

Todos os itens listados abaixo estão relacionados e dentro do escopo para a elaboração de uma apresentação crítica com relação aos aspectos teóricos e metodológicos dos seguintes temas:

1. Debate contemporâneo acerca dos problemas e potenciais avanços científicos na utilização de abordagens de inteligência artificial, incluindo aprendizagem de máquina supervisionada e não supervisionada, aprendizagem profunda, modelos generativos, redes bayesianas e inferência probabilística guiada por I.A., modelos de linguagem de larga escala e modelos híbridos e autoML.

2. Aplicação de métodos de inferência probabilísticos para reconstrução filogenômica, considerando aspectos teóricos, possibilidade de implementação plena, capacidade técnica computacional e limitações de interpretação dos resultados.

3. Fundamentação teórico-filosófica sobre os conceitos de caráter, homologia e homoplasia, bem como a implementação destes conceitos nas estratégias contemporâneas de reconstrução filogenética baseadas em sequenciamento de alta-performance.

4. Motivações para o uso de RNAseq (e técnicas semelhantes como sequenciamento de cDNA obtido de extrações de RNA) em estudos filogenômicos de organismos diversos (incluindo não-modelo): desafios técnicos, analíticos e estratégias para superá-los.

5. Modelos de substituição na reconstrução filogenética a partir de dados moleculares: princípios teóricos, metodologias de implementação e seleção, limites de interpretação de resultados e avanços recentes.

6. Diversidade de tipos de dados e estratégias de sequenciamento para utilização em reconstrução filogenômica: comparações acerca de qualidade, completude e amplitude de aplicação para sistemas biológicos diversos (incluindo não-modelo).

7. Implementação de avanços na tecnologia da informação (incluindo software, hardware e linguagens de programação) no tratamento de problemas filogenéticos: considerações históricas, debates centrais, e obstáculos ainda não resolvidos.

8. Gestão de dados “ômicos”: fundamentos teóricos e implementação tendo em vista a reprodutibilidade científica, bem como limitações técnicas computacionais.

9. Elementos repetitivos, elementos transponíveis, regiões não-codificantes tratadas como “junk DNA”, e viés em conteúdo GC: possíveis origens evolutivas de tais regiões, principais obstáculos causados para estudos genômicos, e estratégias de sequenciamento e biologia computacional para mitigar o problema. 

10. Aspectos legais e éticos na utilização de dados genômicos: legislação sobre biodiversidade, acesso a recursos genéticos de origem nacional e internacional, e proteção de dados.

11. Desenho de sistemas computacionais de alto desempenho para uso em estudos de filogenômica, desde o processamento inicial de reads (controle de qualidade  etc.) até a busca de árvores, considerando a otimização de recursos financeiros para aquisição de material permanente, a alocação de recursos computacionais para diferentes fases de análise, e o manejo de múltiplos usuários, com exemplo de proposta (hipotética ou real).

O concurso será regido pelos princípios constitucionais, notadamente o da impessoalidade, bem como pelo disposto no Estatuto e no Regimento Geral da Universidade de São Paulo e no Regimento do Instituto de Biociências.

1.      Os pedidos de inscrição deverão ser feitos, exclusivamente, por meio do link https://uspdigital.usp.br/gr/admissao no período acima indicado, devendo o candidato preencher os dados pessoais solicitados e anexar os seguintes documentos:

I – memorial circunstanciado e comprovação dos trabalhos publicados, das atividades realizadas pertinentes ao concurso e das demais informações que permitam avaliação de seus méritos, em formato digital;

II – prova de que é portador do título de Doutor outorgado pela USP, por ela reconhecido ou de validade nacional;

III – prova de quitação com o serviço militar para candidatos do sexo masculino;

IV – certidão de quitação eleitoral ou certidão circunstanciada emitidas pela Justiça Eleitoral há menos de 30 dias do início do período de inscrições;

V – documento de identidade oficial.

§ 1º - Elementos comprobatórios do memorial referido no inciso I, tais como maquetes, obras de arte ou outros materiais que não puderem ser digitalizados deverão ser apresentados até o último dia útil que antecede o início do concurso.

§ 2º - Não serão admitidos como comprovação dos itens constantes do memorial links de Dropbox ou Google Drive ou qualquer outro remetendo a página passível de alteração pelo próprio candidato.

§ 3º - Para fins do inciso II, não serão aceitas atas de defesa sem informação sobre homologação quando a concessão do título de Doutor depender dessa providência no âmbito da Instituição de Ensino emissora, ficando o candidato desde já ciente de que neste caso a ausência de comprovação sobre tal homologação implicará o indeferimento de sua inscrição.

§ 4º - Os docentes em exercício na USP serão dispensados das exigências referidas nos incisos III e IV, desde que tenham comprovado a devida quitação por ocasião de seu contrato inicial.

§ 5º - Os candidatos estrangeiros serão dispensados das exigências dos incisos III e IV, devendo comprovar que se encontram em situação regular no Brasil.

§ 6º - O candidato estrangeiro aprovado no concurso e indicado para o preenchimento do cargo só poderá tomar posse se apresentar visto temporário ou permanente que faculte o exercício de atividade remunerada no Brasil.

§ 7º - No ato da inscrição, os candidatos com deficiência deverão apresentar solicitação para que se providenciem as condições necessárias para a realização das provas.

§ 8º - É de integral responsabilidade do candidato a realização do upload de cada um de seus documentos no campo específico indicado pelo sistema constante do link https://uspdigital.usp.br/gr/admissao, ficando o candidato desde já ciente de que a realização de upload de documentos em ordem diversa da ali estabelecida implicará o indeferimento de sua inscrição.

§ 9º - É de integral responsabilidade do candidato a apresentação de seus documentos em sua inteireza (frente e verso) e em arquivo legível, ficando o candidato desde já ciente de que, se não sanar durante o prazo de inscrições eventual irregularidade de upload de documento incompleto ou ilegível, sua inscrição será indeferida.

§ 10 - Não será admitida a apresentação extemporânea de documentos pelo candidato, ainda que em grau de recurso.

§ 11 - No ato da inscrição, o candidato que se autodeclarar preto, pardo ou indígena manifestará seu interesse em participar da pontuação diferenciada prevista no item 11 e seus parágrafos deste Edital.

§ 12 - Para que faça jus à bonificação a candidatos autodeclarados pretos e pardos, o candidato deverá possuir traços fenotípicos que o caracterizem como negro, de cor preta ou parda.

§ 13 - A autodeclaração como preto ou pardo feita pelo candidato que manifestar seu interesse em participar da pontuação diferenciada será sujeita a confirmação por meio de banca de heteroidentificação.

§ 14 - Na hipótese de não confirmação da autodeclaração de pertença racial, o candidato será eliminado do concurso e, se houver sido nomeado, ficará sujeito à anulação da sua admissão ao serviço ou emprego público, após procedimento administrativo em que lhe sejam assegurados o contraditório e a ampla defesa, sem prejuízo de outras sanções cabíveis.

§ 15 - Para confirmação da autodeclaração do candidato indígena será exigido, no ato da inscrição, o Registro Administrativo de Nascimento do Índio - Rani próprio ou, na ausência deste, o Registro Administrativo de Nascimento de Índio - Rani de um de seus genitores.

§ 16 - Situações excepcionais poderão ser avaliadas pelo Conselho de Inclusão e Pertencimento, que poderá admitir a confirmação da autodeclaração do candidato como indígena por meio de, cumulativamente, memorial e declaração de pertencimento étnico subscrita por caciques, tuxauas, lideranças indígenas de comunidades, associações e/ou organizações representativas dos povos indígenas das respectivas regiões, sob as penas da Lei.

§ 17 - As normas vigentes para apresentação dos documentos referentes à autodeclaração como preto, pardo e indígena, bem como para sua confirmação, estão disponíveis no site da Secretaria Geral da USP (https://secretaria.webhostusp.sti.usp.br/?p=12343).

§ 18 - Para fins do inciso III, serão aceitos os documentos listados no art. 209 do Decreto Federal nº 57.654/1966, ficando dispensados de fazê-lo os candidatos do sexo masculino que tiverem completado 45 (quarenta e cinco) anos até o dia 31 de dezembro do ano anterior ao período de abertura de inscrições.

§ 19 - No ato da inscrição, o candidato poderá manifestar a intenção de realizar as provas na língua espanhola ou inglesa, nos termos do artigo 46, parágrafo primeiro, do Regimento do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo. Os conteúdos das provas realizadas nas línguas espanhola, inglesa e portuguesa serão idênticos.

2.  As inscrições serão julgadas pela Congregação do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, em seu aspecto formal, publicando-se a decisão em edital.

Parágrafo único – O concurso deverá realizar-se no prazo de trinta a cento e vinte dias, a contar da data da publicação no Diário Oficial do Estado da aprovação das inscrições, de acordo com o artigo 134, parágrafo único, do Regimento Geral da USP.

3.  O concurso será realizado segundo critérios objetivos, em duas fases, por meio de atribuição de notas em provas, assim divididas:

1ª fase (eliminatória) – prova escrita – peso 3 (três);

2ª fase –  I) julgamento do memorial com prova pública de arguição - peso 4 (quatro);

II) prova didática - peso 3 (três).

§ 1º - A convocação dos inscritos para a realização das provas será publicada no Diário Oficial do Estado.

§ 2º - Será eliminado do presente certame, sem prejuízo de eventuais sanções legais cabíveis, o candidato que, a qualquer tempo:

a) chegar após o horário estabelecido para o início dos trabalhos do concurso ou de qualquer uma das provas, inclusive para o sorteio de ponto;

b) adotar comportamento inadequado ou que venha a tumultuar a realização das provas ou de quaisquer outras etapas do certame, perturbando a ordem dos trabalhos, seja por meio de manifestações verbais ou conduta incompatível com a lisura e a tranquilidade do ambiente;

c) portar arma de fogo no local de realização das provas, ainda que possua autorização legal para o respectivo porte, ressalvados os casos excepcionais previstos em lei e expressamente autorizados pela Comissão Julgadora.

§ 3º - Na avaliação das provas pela comissão julgadora, será considerada a finalidade externada para a criação da vaga (concessão do claro docente) à qual se destina o presente concurso, disponível no anexo ao presente edital.

4.  A prova escrita, que versará sobre assunto de ordem geral e doutrinária, será realizada de acordo com o disposto no art. 139, e seu parágrafo único, do Regimento Geral da USP.

I – a comissão organizará uma lista de dez pontos, com base no programa do concurso e dela dará conhecimento aos candidatos, 24 (vinte e quatro) horas antes do sorteio do ponto, sendo permitido exigir-se dos candidatos a realização de outras atividades nesse período;

II – o candidato poderá propor a substituição de pontos, imediatamente após tomar conhecimento de seus enunciados, se entender que não pertencem ao programa do concurso, cabendo à comissão julgadora decidir, de plano, sobre a procedência da alegação;

III – sorteado o ponto, inicia-se o prazo improrrogável de cinco horas de duração da prova;

IV – durante sessenta minutos, após o sorteio, será permitida a consulta a livros, periódicos e outros documentos bibliográficos;

V – as anotações efetuadas durante o período de consulta poderão ser utilizadas no decorrer da prova, devendo ser feitas em papel rubricado pela comissão e anexadas ao texto final;

VI – O candidato poderá utilizar microcomputador para a realização da prova escrita, mediante solicitação por escrito à comissão julgadora, nos termos da Circ.SG/Co/70, de 5/9/2001, e decisão da Congregação do Instituto de Biociências em sessão de 05/10/2001;

VII – a prova, que será lida em sessão pública pelo candidato, deverá ser reproduzida em cópias que serão entregues aos membros da comissão julgadora, ao se abrir a sessão;

VIII – cada prova será avaliada, individualmente, pelos membros da comissão julgadora;

IX – serão considerados habilitados para a segunda fase os candidatos que obtiverem, da maioria dos membros da comissão julgadora, nota mínima sete;

X – a comissão julgadora apresentará, em sessão pública, as notas recebidas pelos candidatos.

5. Ao término da apreciação da prova escrita, cada candidato terá de cada examinador uma nota final, observada a eventual aplicação da pontuação diferenciada nos termos do item 11 deste Edital.

6.  Participarão da segunda fase somente os candidatos aprovados na primeira fase.

7.  O julgamento do memorial, expresso mediante nota global, incluindo arguição e avaliação, deverá refletir o mérito do candidato.

Parágrafo único – No julgamento do memorial, a comissão apreciará:

I – produção científica, literária, filosófica ou artística;

II – atividade didática universitária;

III – atividades relacionadas à prestação de serviços à comunidade;

IV – atividades profissionais ou outras, quando for o caso;

V - diplomas e outras dignidades universitárias.

8.  A prova didática será pública, com a duração mínima de quarenta e máxima de sessenta minutos, e versará sobre o programa da área de conhecimento acima mencionada, nos termos do artigo 137 do Regimento Geral da USP.

I – a comissão julgadora, com base no programa do concurso, organizará uma lista de dez pontos, da qual os candidatos tomarão conhecimento imediatamente antes do sorteio do ponto;

II – o candidato poderá propor a substituição de pontos, imediatamente após tomar conhecimento de seus enunciados, se entender que não pertencem ao programa do concurso, cabendo à comissão julgadora decidir, de plano, sobre a procedência da alegação;

III – a realização da prova far-se-á 24 (vinte e quatro) horas após o sorteio do ponto as quais serão de livre disposição do candidato, não se exigindo dele nesse período a realização de outras atividades;

IV – o candidato poderá utilizar o material didático que julgar necessário;

V – se o número de candidatos o exigir, eles serão divididos em grupos de, no máximo, três, observada a ordem de inscrição, para fins de sorteio e realização da prova;

VI – quando atingido o 60º (sexagésimo) minuto de prova, a Comissão Julgadora deverá interromper o candidato;

VII – se a exposição do candidato encerrar-se aquém do 40º minuto de prova, deverão os examinadores conferir nota zero ao candidato na respectiva prova.

9.  Ao término da apreciação das provas, cada candidato terá de cada examinador uma nota final que será a média ponderada das notas por ele conferidas nas duas fases, observados os pesos mencionados no item 3 e a eventual aplicação da pontuação diferenciada nos termos do item 11 deste edital.

10.   As notas das provas poderão variar de zero a dez, com aproximação até a primeira casa decimal.

11.   Aplicar-se-á pontuação diferenciada aos candidatos pretos, pardos e indígenas, nos termos ora especificados.

§ 1º - A fórmula de cálculo da pontuação diferenciada a ser atribuída a pretos, pardos e indígenas, em todas as fases do concurso público é:

PD = (MCA – MCPPI) / MCPPI

Onde:

- PD é a pontuação diferenciada a ser acrescida às notas, em cada fase do concurso público, de todos os candidatos pretos, pardos ou indígenas que manifestaram interesse em participar da pontuação diferenciada.

- MCA é a pontuação média da concorrência ampla entre todos candidatos que pontuaram, excluindo-se os inabilitados, ou seja, os que não atingiram a pontuação mínima referida nos itens 4 e 13 do presente Edital. Entende-se por “ampla concorrência” todos os candidatos que pontuaram e que não se declararam como pretos, pardos ou indígenas e aqueles que, tendo se declarado pretos, pardos ou indígenas, optaram por não participar da pontuação diferenciada.

- MCPPI é a pontuação média da concorrência PPI entre todos candidatos que pontuaram, excluindo-se os inabilitados.

§ 2º - A fórmula para aplicação da pontuação diferenciada às notas finais de pretos, pardos e indígenas em cada fase do concurso público é:

NFCPPI = (1 + PD) * NSCPPI

Onde:

- NFCPPI é a nota final na fase do concurso público, após a aplicação da pontuação diferenciada e que gerará a classificação do candidato na etapa do concurso público, limitada à nota máxima prevista em edital. Ao término da fase de concurso público, a nota final passa a ser considerada a nota simples do candidato.

- NSCPPI é a nota simples do candidato beneficiário, sobre a qual será aplicada a pontuação diferenciada.

§ 3º - Os cálculos a que se referem os §§ 1º e 2º deste item devem considerar duas casas decimais e frações maiores ou iguais a 0,5 (cinco décimos) devem ser arredondadas para o número inteiro subsequente.

§ 4º - A pontuação diferenciada (PD) prevista neste item aplica-se a todos os beneficiários habilitados, ou seja, aos que tenham atingido o desempenho mínimo estabelecido no edital do certame, considerada, para este último fim, a nota simples.

§ 5º - Na inexistência de candidatos beneficiários da pontuação diferenciada entre os habilitados, não será calculada a pontuação diferenciada.

§ 6º - A pontuação diferenciada não será aplicada quando, na fórmula de cálculo da pontuação diferenciada (PD), a MCPPI (pontuação média da concorrência PPI) for maior que a MCA (pontuação média da concorrência ampla).

12.   O resultado do concurso será proclamado pela comissão julgadora imediatamente após seu término, em sessão pública.

13.   Serão considerados habilitados os candidatos que obtiverem, da maioria dos examinadores, nota final mínima sete.

14.   A indicação dos candidatos será feita por examinador, segundo as notas por ele conferidas.

15.   Será proposto para nomeação o candidato que obtiver o maior número de indicações da comissão julgadora.

16.   A posse do candidato indicado ficará sujeita à aprovação em exame médico realizado pelo Departamento de Perícias Médicas do Estado – DPME, nos termos do Artigo 47, VI, da Lei nº 10.261/68.

17.   A nomeação do docente aprovado no concurso assim como as demais providências decorrentes serão regidas pelos termos da Resolução nº 7271 de 2016.

18.   O docente em RDIDP deverá manter vínculo empregatício exclusivo com a USP, nos termos do artigo 197 do Regimento Geral da USP.

19.   O concurso terá validade imediata e será proposto para nomeação somente o candidato indicado para o cargo posto em concurso.

20.   O candidato será convocado para posse pelo Diário Oficial do Estado.

21. Maiores informações, bem como as normas pertinentes ao concurso, encontram-se à disposição dos interessados na Divisão Acadêmica do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, localizada na Rua do Matão, travessa 14, número 321, Cidade Universitária, São Paulo – SP, Prédio da Administração, ou por meio do e-mail “academica@ib.usp.br”.

1) Situação Atual do Departamento/Área.

O Departamento de Zoologia conta atualmente com 18 docentes ativos, um número que está abaixo do ideal definido no projeto acadêmico do Instituto de Biociências, que estabelece um quadro de 23 professores como necessário para o atendimento pleno de nossas atividades. Essa defasagem foi agravada recentemente por aposentadorias e exonerações de colegas que representavam importantes lideranças em nossa unidade. Essa realidade reflete diretamente na nossa capacidade de oferecer ensino de qualidade, manter a excelência em nossas linhas de pesquisa e ampliar as iniciativas de extensão. Ademais, tendo em vista as diversas métricas recentemente revisadas pelo Instituto, bem como levantamento realizado para o ano de 2024, o Departamento de Zoologia figura entre as maiores (senão a maior) cargas didáticas por docente no Instituto.

2) Objetivo Geral da Contratação do Docente.

A sistemática e a filogenética sempre foram áreas fortes e fundamentais no Departamento de Zoologia. No entanto, é necessário modernizar e expandir essas linhas por meio da incorporação de abordagens filogenômicas e de bioinformática, que representam ferramentas essenciais para responder questões científicas complexas em um mundo onde a biologia computacional tem papel central. De maneira semelhante, o desenvolvimento de métodos filogenéticos ou comparativos também representa atualmente uma lacuna importante em comparação com a pesquisa de ponta realizada globalmente. Tentativas anteriores de suprir essa necessidade foram feitas em 2010 e 2011, com a realização de concursos para vagas na área de bioinformática, mas infelizmente não obtivemos sucesso na contratação. Desta forma, na última década o Departamento de Zoologia conta, nesta área central, com apenas três docentes que possuem esta área como foco central de atuação. A retomada dessa iniciativa, agora com foco na filogenômica integrada à bioinformática, é imprescindível.

3) Ensino – Metas.

É esperado que a candidata ou o candidato ao cargo de docente na área de “Filogenômica e Bioinformática de Metazoários” possa fortalecer a grade curricular nos cursos de graduação, com a criação de disciplinas inovadoras que explorem os princípios e aplicações da filogenômica e da bioinformática. Ademais, deve atuar no Programa de Pós-Graduação em Zoologia, aumentando a oferta de disciplinas de ponta e contribuindo para a formação de recursos humanos altamente qualificados. Por fim, esperamos que tenha participação no Programa Interunidades de PósGraduação em Bioinformática, promovendo a interdisciplinaridade e o diálogo entre as áreas de biologia, ciência da computação e estatística.

4) Pesquisa e Inovação – Metas.

É esperado que o(a) docente possa desenvolver pesquisa na área de “Filogenômica e Bioinformática de Metazoários”. Também é esperado que potencialize projetos em sistemática, evolução e biodiversidade com o uso de dados genômicos e ferramentas bioinformáticas, além de integrar estudos em filogenética molecular, genômica comparativa e análises de big data em biodiversidade e desenvolvimento de novas metodologias. Por fim, deve estabelecer colaborações com outros departamentos e institutos para ampliar o escopo interdisciplinar de pesquisas filogenômicas.  

5) Cultura e Extensão – Metas.

É esperado principalmente que o(a) docente desenvolva cursos e oficinas voltados para a capacitação de profissionais e estudantes em ferramentas bioinformáticas aplicadas à zoologia, além de disseminar conhecimentos para a sociedade por meio de eventos, palestras e colaborações com escolas e organizações não governamentais, ampliando a compreensão pública sobre biodiversidade e evolução

6) Impacto esperado com a contratação.

O Departamento de Zoologia gerencia recursos e coleções de extrema relevância para a pesquisa e ensino. Um exemplo é o Banco de Tecidos de Vertebrados, que conta com mais de 55 mil amostras catalogadas, representando um acervo de valor inestimável para estudos em biodiversidade, genômica e evolução. Além de contribuir com a obtenção de verba (por exemplo, para técnicos TT3, manutenção/reposição de ultrafreezers), a ampliação da equipe docente na área de filogenômica permitiria maximizar a utilização desse recurso, promovendo tanto pesquisas inovadoras quanto colaborações interdepartamentais, interunidades e internacionais. O perfil desse(a) novo(a) docente reforçaria significativamente a colaboração entre departamentos. As competências em bioinformática podem ser aplicadas em uma ampla gama de estudos, desde ecologia molecular até microbiologia, promovendo projetos interdisciplinares e atraindo financiamento externo. Ademais, a filogenômica desempenha um papel crucial na elucidação das relações evolutivas de organismos, com impactos diretos em diversas áreas das biociências. Por fim, o desenvolvimento de novas metodologias, com foco em análises filogenéticas ou métodos comparativos filogenéticos, também permitiria grande integração com demais membros do departamento, além de projetar o Departamento de Zoologia e o Instituto de Biociências internacionalmente, uma vez que esta é uma área pioneira globalmente.

Abstract in English – Public Call IB/AAcad/19/2025

The Institute of Biosciences of the University of São Paulo (IB-USP) invites applications for one full-time faculty position at the rank of Professor Doutor in the Department of Zoology (DZ), with a gross monthly salary of R$ 16.353,01 (as of May 2025). The position is in the field of Bioinformatics and Phylogenomics of Metazoa. Applications must be submitted by 6:00 p.m. (Brasília Standard Time, UTC-3) on October 06, 2025.

Bioinformatics and Phylogenomics are fundamental to advancing scientific research by integrating genomic data and computational tools to address complex scientific questions. This interdisciplinary field is essential for unraveling evolutionary relationships, understanding biodiversity, and exploring biological processes at a molecular level. In this context, the Department of Zoology (DZ) is seeking a highly qualified candidate with demonstrated expertise in this area. The selected candidate will be expected to contribute to original research, teaching, and outreach activities. This includes working collaboratively, fostering interdisciplinary initiatives within and outside the department, and actively pursuing research funding. The candidate is expected to strengthen current research lines, ensure the consistent quality of core undergraduate and graduate courses, propose new curricular offerings, and contribute to the formation of highly qualified human resources. This strategic hire aims to address a critical departmental need, reinforce the Institute’s leadership, and strengthen the long-term commitment to academic excellence in the life sciences, particularly given the department's foundational role in systematics and phylogenetics.

The examination syllabus for this position includes the following 11 topics:

1. Contemporary debate on the problems and potential scientific advancements in the utilization of artificial intelligence approaches, including supervised and unsupervised machine learning, deep learning, generative models, Bayesian networks and AI-guided probabilistic inference, large-scale language models, and hybrid and AutoML models.

2. Application of probabilistic inference methods for phylogenomic reconstruction, considering theoretical aspects, possibility of full implementation, computational technical capacity, and limitations in interpreting results.

3. Theoretical-philosophical foundation on the concepts of character, homology, and homoplasy, as well as the implementation of these concepts in contemporary phylogenetic reconstruction strategies based on high-performance sequencing.

4. Motivations for the use of RNA-seq (and similar techniques like cDNA sequencing obtained from RNA extractions) in phylogenomic studies of diverse organisms (including non-model ones): technical and analytical challenges, and strategies to overcome them.

5. Substitution models in phylogenetic reconstruction from molecular data: theoretical principles, implementation and selection methodologies, limits of result interpretation, and recent advances.

6. Diversity of data types and sequencing strategies for use in phylogenomic reconstruction: comparisons regarding quality, completeness, and breadth of application for diverse biological systems (including non-models).

7. Implementation of advances in information technology (including software, hardware, and programming languages) in addressing phylogenetic problems: historical considerations, central debates, and unresolved obstacles.

8. "Omics" data management: theoretical foundations and implementation with a view to scientific reproducibility, as well as technical computation limitations.

9. Repetitive elements, transposable elements, non-coding regions treated as "junk DNA," and GC content bias: possible evolutionary origins of such regions, main obstacles caused for genomic studies, as well as sequencing and computational biology strategies to mitigate the problem.

10. Legal and ethical aspects in the use of genomic data: legislation on biodiversity, access to genetic resources of national and international origin, and data protection.

11. Design of high-performance computational systems for use in phylogenomics studies, from initial read processing (quality control, etc.) to tree searching, considering the optimization of financial resources for permanent material acquisition, the allocation of computational resources for different analysis phases, and multi-user management, with an example proposal (hypothetical or real).

Applications must be submitted online at:

https://uspdigital.usp.br/gr/admissao

For further information, including procedures for validating doctoral degrees granted by foreign institutions, please contact: academica@ib.usp.br